Según el máximo responsable del Vaticano para asuntos relacionados con la familia y política familiar, la encíclica "Evangelium Vitae" abre el paso a la objeción de conciencia para no colaborar en "delitos graves que suponen la destrucción del mundo. La objeción de conciencia es un derecho, y el Estado tiene que respetarla sin ejercer amenazas". A su vez, "los cristianos que son empleados del Estado deben acogerse a la objeción de conciencia porque esta ley es una herida profunda al sentido moral y a la fe. Se debe recurrir a la objeción no solo ante el aborto sino también ante la celebración de "matrimonios" homosexuales así como ante cualquier ley inicua".

        El cardenal colombiano advierte que este derecho existe en todos los Estados, "excepto en los totalitarios. Si se despide del trabajo a quien objeta por motivos de conciencia nos encontraríamos ante el más crudo totalitarismo". En su opinión, la democracia comienza a estar amenazada cuando deja de respetar las libertades, "por lo que no respetar la objeción de conciencia sería muy peligroso y muy grave. ¿Qué Estado puede ofrecer un futuro digno del hombre si niega al hombre y lo deshumaniza?".

        Alfonso López Trujillo advierte que establecer el "matrimonio" entre personas del mismo sexo no les ayuda a resolver sus problemas, mientras que destruye numerosos valores culturales y morales. No se trata sólo de un asunto religioso, pues el matrimonio es anterior al Cristianismo. Según el cardenal, "desde los tiempos más antiguos de la humanidad y de la cultura, el matrimonio ha sido la unión de amor y de vida entre un hombre y una mujer. Toda la historia lo confirma, y los antropólogos señalan que jamás ha habido una situación como la que quiere establecerse ahora", que ha sido denunciada en España por expertos en diversos campos médicos y sociológicos, así como por representantes de todas las religiones.

        El responsable vaticano de la familia deja claro que "en muchas ocasiones he repetido que hay que respetar a las personas homosexuales, hay que amarlas y ayudarlas", también a las que conviven pues "la Iglesia no quiere que esas llamadas "parejas" sufran discriminaciones, humillaciones, bromas, o cualquier tipo de falta de respeto. Son personas humanas que debemos amar". Pero no a costa de destruir el matrimonio y de poner en peligro la maduración afectiva de menores de edad en el caso de las adopciones, según López Trujillo.